「環境構築で挫折しない！ブラウザで解析するRNA-seq入門」勉強会

　アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。 バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。 初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
　今回は、多くの初学者がつまずきやすい環境構築の敷居を下げるための「ブラウザで解析するRNA-seq入門」をテーマに開催いたします。

 バイオインフォマティクスにおいて、ゼロからデータ解析環境を整備するハードルは非常に高いのが現状です。慣れないLinuxでのツール操作や複雑な依存関係の解決に時間を取られ、解析のスタートラインに立つ前に挫折してしまうケースも少なくありません。
　本セミナーでは、この大きな障壁である「データ解析環境の構築」のお悩みを解消するアプローチとして、大きく以下の3点をご紹介いたします。

・複雑な依存関係に悩まされないスマートな環境構築方法
・Jupyter Notebookを活用したブラウザ上での直感的な解析
・RNA-seqを例とした基本的なデータ解析の流れ

　まず、環境構築のトラブルを防ぐための強力な仕組みであるDockerやcondaの具体的な活用方法をご紹介します。
さらに、使い慣れたWebブラウザでプログラムを実行し、解析結果の図表やグラフをリアルタイムに確認できるJupyter Notebookについてご紹介します。
最後に、構築した環境を活用する実践編として、RNA-seqの基本的な解析を実行します。クオリティコントロールからマッピング、発現定量にいたる基本プロトコルをご紹介するとともに 、グループ間の違いを比較する発現変動遺伝子解析の手順について解説します。